의제매입세액 공제 뜻 — 음식점·제조업이 면세 수산물 살 때 공제율·한도

식당은 생선·조개 같은 면세 수산물을 사서 음식을 만들어 팔아요. 수산물을 살 때는 부가세를 내지 않았는데, 음식을 팔 때는 부가세가 붙죠. 이때 산 재료에도 매입세액이 있었던 것으로 보고 일정 비율을 공제해 주는 제도가 의제매입세액 공제예요. 수산물을 납품하는 쪽에서도 거래처가 왜 계산서를 챙기는지 알면 대화가 쉬워져요.

이 글은 2026년 10월 현재 국가법령정보센터의 부가가치세법·시행령 조문을 옮긴 일반 정보예요. 실제 공제 여부와 금액은 꼭 세무사나 관할 세무서에 확인하세요.

1. 의제매입세액 공제란

부가가치세법 제42조는 부가세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물·축산물·수산물·임산물(면세농산물등)을 원재료로 제조·가공한 재화나 창출한 용역에 부가세가 과세되는 경우, 면세농산물등의 가액에 정해진 율을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 정해요.

• 음식점: 면세 수산물을 사서 조리해 과세 음식으로 판매
• 제조업: 면세 수산물을 원료로 과세 가공품을 제조

시행령 제84조는 대상 수산물에 1차 가공을 거친 것(냉동·건조·염장 등, 시행령 제34조 범위)도 포함한다고 적고 있어요. 면세 범위는 수산물 면세 계산서 vs 세금계산서에 정리해 뒀어요.

2. 업종별 공제율

부가가치세법 제42조 제1항 표(2026년 1월 2일 시행 기준)를 옮겼어요. 9/109처럼 기한이 붙은 율은 기한이 지나면 바뀔 수 있어요.

3. 공제를 받으려면: 증빙이 핵심

시행령 제84조 제5항은 공제를 받으려는 사업자가 의제매입세액 공제신고서와 함께 다음 중 하나를 관할 세무서에 내도록 해요.

1. 매입처별 계산서합계표 (면세 거래에서 받은 계산서)
2. 신용카드매출전표등 수령명세서
3. 매입자발행계산서합계표

단서로, 제조업을 하는 사업자가 농어민에게 직접 사는 경우에는 공제신고서만 내면 된다고 해요. 거꾸로 말하면 음식점은 계산서나 카드 전표 같은 증빙이 있어야 해요.

4. 공제 한도

공제는 무한정이 아니에요. 시행령 제84조 제2항은 해당 과세기간에 면세농산물등과 관련해 공급한 과세표준의 일정 비율까지만 매입가액으로 인정해요. 2027년 12월 31일까지 적용되는 한도는 이래요.

이 한도 금액에 공제율을 곱한 것이 공제할 수 있는 최대 금액이에요. 제조업은 1년 단위로 다시 계산하는 특례(같은 조 제3항)도 있어요.

5. 계산 예시

개인 음식점 A식당이 한 과세기간에 이렇게 거래했다고 가정해 볼게요 (가정 숫자).

같은 조건에서 법인 음식점이라면 6/106을 적용해 약 3,962,264원이에요. 면세 매입이 1억 2,000만 원이었다면 한도 1억 500만 원까지만 인정돼 약 8,669,725원이 돼요. 원가율 계산과 함께 보려면 식당 수산물 원가율 계산 예시를 참고하세요.

공제율의 과세표준 2억 원 기준, 간이과세자 적용 여부 등 세부 판단은 사업자마다 달라요. 세무사에게 확인하세요.

6. 납품하는 쪽이 챙길 것

• 면세 품목은 계산서를 제때 발급해요. 거래처의 공제 증빙이 돼요.
• 단가표에 면세·과세를 구분해 적어요. 양념·조리한 과세 제품은 세금계산서로 일반 매입세액 공제를 받는 품목이라 의제매입 대상이 아니에요.
• 면세 수산물을 그대로 다시 파는 도매·유통은 과세 공급이 아니라서 이 제도와 관계가 없어요. 직접 가공해 과세로 판다면 세무사와 상의하세요.

거래처별 단가표를 정리할 때 과세 구분 칸을 두는 법은 단가표 엑셀 양식 만드는 법에 있어요.

참고한 자료

• 부가가치세법 제42조(면세농산물등 의제매입세액 공제특례) — 국가법령정보센터
• 부가가치세법 시행령 제84조(의제매입세액 계산) — 국가법령정보센터